La investigación del CENIEH tiene un marcado carácter interdisciplinar. Así, se pueden ver incorporadas al Centro diferentes áreas científicas relacionadas con el estudio de la evolución de los homínidos durante el Plio-Pleistoceno. En el CENIEH se han de desarrollar siete programas de investigación que llevan a cabo distintas líneas de investigación. Dicha investigación se desarrolla en estrecha colaboración con el Área de Gestión de Colecciones y otros Servicios de Apoyo, como son el Laboratorio de Restauración y Laboratorios Transversales y Específicos.
Organigrama de la Investigación en el CENIEH