El CENIEH tiene entre sus funciones conservar las colecciones procedentes de excavaciones en yacimientos arqueológicos y paleontológicos que en él sean depositadas. Se espera que los fondos se incrementen constantemente con el ingreso de los restos arqueo-paleontológicos procedentes de distintas excavaciones, en especial de aquellas vinculadas a proyectos de equipos del centro.

Por ello dispone de espacios adecuados para el almacenaje de un gran volumen de piezas, asegurando unas condiciones adecuadas para su conservación a largo plazo. La conservación queda también garantizada por los medios materiales y humanos del Laboratorio de Conservación y Restauración. El CENIEH cuenta también con un moderno sistema de Bases de Datos diseñado específicamente para la catalogación de sus fondos y la gestión de la información contextual asociada ellos. El sistema de gestión de colecciones está pensado para facilitar el estudio de los fondos por parte de investigadores e investigadores y para poner a su disposición la información contextual sobre los mismos. Para acceder a todas ellas deberá realizarse una solicitud través de la Oficina de Usuarios, previa consulta del procedimiento de Consulta de Colecciones y préstamos de colecciones de fondos en el que se establece que en el caso de los fondos Arqueo-paleontológicos, dicha Solicitud deberá efectuarse con al menos una antelación mínima de un mes con respecto a la fecha solicitada para iniciar el acceso a la colección.

El horario para la consulta de las colecciones es:

Lunes a Jueves: de 8:00 h a 17:00 h

Viernes: De 8:00 h a 14:00 h

El CENIEH cuenta con amplios espacios y algunos equipamientos específicos en la sala de Consulta de Colecciones, así como de equipos de análisis disponibles en otros espacios para que las personas interesadas puedan consultar y estudiar los fondos de las Colecciones.

-Colección Osteológica de Anatomía Comparada (COAC), que incluye la Colección Jablonsky.

-Colecciones de Lítica, la Colección Experimental de Traceología (CET) y la Litoteca (LITHO)

-Colecciones Arqueo-Paleontológicas (AP)

- Colección de dientes deciduos Ratón Pérez (RP)

-Colección "Clark Howell"

La Colección "Clark Howell" fue creada en 2022 a partir del legado del profesor Clark Howell. Los fondos de esta colección consisten en diferentes materiales relacionados con las investigaciones del profesor Howell en el campo de la evolución humana, y están fundamentalmente ligados a los yacimientos de Torralba y Ambrona. Los fondos incluyen 235 réplicas y moldes de útiles líticos, documentación fotográfica y planimétrica de las excavaciones, dibujos, notas manuscritas, e inventarios de materiales.