El Programa de Arqueología se enfoca principalmente en la reconstrucción del comportamiento tecnológico y de subsistencia de los humanos durante la prehistoria utilizando un enfoque multidisciplinar que integra estudios de tecnología lítica, arqueozoología, tafonomía ósea, formación de yacimientos y arqueología espacial. En términos de comportamiento tecnológico, el programa investiga las industrias líticas y óseas excavadas en yacimientos arqueológicos con el objetivo de reconstruir los procesos tecnológicos y cadenas operativas que conducen a su elaboración. El enfoque utilizado es integral y abarca todo el proceso de elaboración de las industrias, desde la selección de materias primas y la fabricación, hasta el uso y descarte de los artefactos. En términos de comportamiento de subsistencia, el programa estudia las actividades de subsistencia pasadas y la obtención de alimentos mediante el examen de la deposición natural de los huesos y la identificación de huesos de animales modificados por los homínidos que resultaron deliberadamente del tratamiento de cadáveres de animales. Además, el programa de Arqueología estudia el patrón de distribución espacial de los restos arqueológicos en los yacimientos paleolíticos y sus entornos con el fin con de explorar las capacidades cognitivas de los homínidos en el uso del paisaje.
En 2022, el equipo científico del Programa de Arqueología dirigió importantes estudios arqueológicos y paleoantropológicos. El primero estudio, publicado en la revista Frontiers in Earth Science informa de la reconstitución paleoambiental del yacimiento del Kherba (Argelia) en relación con las actividades comportamentales de los homínidos olduvayenses hace 1,8 millones de años a través de una perspectiva sedimentológica y micromorfológica. El segundo estudio, publicado tambiénen Frontiers in Earth Science, consiste en las características del Achelense de la Cuenca Alta del Guadiana (España Central) y su contexto morfoestratigráfico y cronologíco. La tercera investigación, publicada en la revista Journal of Human Evolution, trata la reconstrucción virtual y el análisis de los cráneos de Homo erectus DAN5 y BSN12/P1. Los resultados del análisis mostraron que, con 598 cm3, el cráneo DAN5 representa la menor capacidad craneal medida para Homo erectus.
